Wiosna się skończyła, a z nią wahania temperatury wody. Warunki termiczne ustabilizowały się co sprzyja rozwojowi nowych generacji organizmów wodnych. Masowo rozwija się plankton w przypowierzchniowych ciepłych warstwach wody. W sprzyjających warunkach powstają wielkie kolonie organizmów nadając wodzie specyficzną barwę. Czynnikami sprzyjającymi powstaniu zakwitów są dość wysoka temperatura wody (20 - 25st.C), duże nasłonecznienie, stagnujące lub o niewielkim przepływie wody (jeziora, nizinne rzeki), dostępność substancji odżywczych.

O ile trzy pierwsze warunki są czynnikami naturalnymi niewiele poddającymi się wpływowi człowieka to dostępność substancji odżywczych niejednokrotnie jest czynnikiem powodowanym aktywnością człowieka. Źródłem substancji biogennych są spływy z pól uprawnych zawierających nawozy sztuczne, zrzuty ścieków w zlewni jezior lub bezpośrednio do jezior. Wymagania wobec współczesnych oczyszczalni ścieków są duże. Ścieki prawidłowo oczyszczone nie stwarzają dużego zagrożenia dla jakości wód. Lecz źle oczyszczone powodują powstawanie silnych zakwitów i wtórnemu zanieczyszczeniu. Konsekwencją zakwitów są silne przetlenienia wody w ciągu dnia oraz odtlenienia nocą i nad ranem. Ten ostatni czynnik może doprowadzać do wystąpienia śnięć ryb w związku z deficytem tlenowym oraz powstawaniem niezwiązanego z wodą amoniakiem w tej formie toksyczną substancją dla organizmów wodnych.

Zakwity planktonu nie są długo żyjącym zjawiskiem. Wraz ze zmianą pogody, szczególnie po opadach deszczu zanikają. Rozkładający się plankton tworzy kożuchy zalegające najczęściej strefę przybrzeżną. Kożuchy te mają barwę, brunatną, czerwoną, jaskrawo zieloną, ciemno zieloną. Barwa zależna jest od budowy organizmów tworzących zakwit. Po kilku dniach kożuchy toną. Na dnie ulegają rozkładowi z wydzielaniem bąbelków gazów tworzących efekt syfonu.

W okresie letnim najczęściej występują zakwity takich organizmów jak:

- sinice
- okrzemki
- zielenice


Zakwity szczególnie sinicowe mogą być szkodliwe dla zwierząt i ludzi. Sinice występujące we wszystkich typach wód (zbiornikach słodkowodnych, słonawych i morskich) mają zdolność wytwarzania toksyn.